Tháng 7 năm 1996, Radiohead tiến hành chơi nháp và thu âm OK Computer tại phòng thu Canned Applause, gần Didcot, Oxfordshire[25]. Cho dù không có thời hạn hoàn thiện vì vẫn trong quá trình thư giãn sau The Bends[26], họ vẫn gặp phải vô vàn khó khăn khi Selway lên tiếng than phiền việc ban nhạc quyết định tự sản xuất: "Chúng tôi cứ chơi lần lượt ca khúc này qua ca khúc khác, rồi chúng tôi cạn kiệt ý tưởng, và chúng tôi lại đi sang ca khúc mới... điều ngu xuẩn nhất đó là việc chúng tôi gần như hoàn thiện một thứ đúng lúc chúng tôi quyết định chuyển sang thứ mới, và rất nhiều thứ bị bỏ lại sau đó."[27] Các thành viên hầu hết đều đảm nhiệm cả hai vai trò sản xuất và chơi nhạc, cho dù Yorke được coi là người "có tiếng nói nhất" theo O'Brien[28]. Selway nhớ lại: "Chúng tôi có một khoảng không kinh ngạc để tự phát triển phần mình phụ trách, nhưng cùng lúc chúng tôi lại rất khó tính với những gì người khác đang làm."[27] Trong khi đó, vai trò của Godrich lại nằm giữa việc cộng tác kỹ thuật và quản lý ngoài phòng thu. Trong một bài phỏng vấn, ông nói: "Với Radiohead, chúng tôi cùng nhau chia sẻ vai trò sản xuất"[13], còn trong một dịp khác, ông lại trả lời: "Họ cần một ai đó bên ngoài tất cả, đặc biệt khi họ cùng nhau chơi nhạc, để nói với họ rằng bản thu đạt chất lượng... Tôi dễ phiền lòng khi thấy người khác thiếu trách nhiệm, vậy nên trong hợp đồng tôi có ghi rõ họ cần thể hiện trách nhiệm với sản phẩm... Công việc của tôi là đảm bảo công việc tiến triển."[29] Kể từ OK Computer, Godrich được thừa nhận là "thành viên thứ 6" không chính thức của ban nhạc[30][31].

Radiohead nhận ra rằng Canned Applause không phải là địa điểm đáp ứng được nhu cầu thu âm của họ, vậy nên Yorke đề nghị thực hiện thu âm tại nhà các thành viên, ngoại trừ Jonny Greenwood khi anh cho rằng nhà mình không đủ rộng để ăn uống cũng như vệ sinh[28]. Vào khoảng thời gian đó, ban nhạc đã tương đối hoàn thiện 4 ca khúc: "Electioneering", "No Surprises", "Subterranean Homesick Alien" và "The Tourist"[32]. Theo yêu cầu của nhãn đĩa, họ tạm nghỉ để thực hiện tour diễn 13 ngày vòng quanh nước Mỹ cùng Alanis Morissette. Tại đây, họ cũng trình bày một vài ca khúc mới[33]. Ca khúc "Paranoid Android" được chỉnh sửa từ bản dài 14-phút với đoạn solo organ thành một bản ngắn hơn dài 6-phút gần với bản album sau này[33].

Cũng trong tour diễn này, nhà làm phim Baz Luhrmann gửi lời mời tới Radiohead viết nhạc cho bộ phim Romeo + Juliet, bù lại, Luhrmann dành cho ban nhạc 30 phút tài liệu ở cuối phim. Yorke nói: "Khi chúng tôi xem cảnh Claire Danes cầm khẩu Colt 45 chĩa vào đầu mình, lập tức chúng tôi có ý tưởng cho ca khúc."[34] Không lâu sau đó, họ hoàn thiện "Exit Music (For a Film)" – ca khúc được chơi ở phần giới thiệu thành phần tham gia sản xuất ở cuối bộ phim, song không được đưa vào phần soundtrack theo yêu cầu của ban nhạc[35]. Yorke cho rằng ca khúc này đã góp phần định hình nên cảm xúc cho phần còn lại của album mà đây "là lần đầu tiên mà chúng tôi thu âm một ca khúc mà mỗi nốt nhạc khiến đầu óc phải quay cuồng – một thứ khiến tôi tự hào, một thứ mà tôi có thể bật thực sự, thực sự to mà không lúc nào phải co mình sợ hãi."[12]

Điền trang St Catherine được xây từ thời Victoria, sau đó được tu sửa bởi William Blanchard vào thế kỷ 16. Minh tinh Jane Seymour sau đó mua lại căn nhà cùng chồng là David Flynn vào năm 1984 trước khi bỏ ra tới 3 triệu £ để nâng cấp lại toàn bộ điền trang

Ban nhạc quay trở lại thu âm vào tháng 9 năm 1966 ở điền trang lịch sử St Catherine gần Bath, thuộc quyền sở hữu của minh tinh Jane Seymour[36]. Greenwood cho rằng địa điểm mới là một nơi bị bỏ hoang, song đôi lúc "phù hợp để kết hợp với việc đi lang thang"[37]. Sự thay đổi không gian này cũng đánh dấu bước chuyển quan trọng trong quá trình sản xuất album. Greenwood khi so sánh điền trang với những phòng thu trước đó của ban nhạc cho rằng việc thu âm ở St. Catherine "ít nhất khá giống với công việc trong phòng thí nghiệm, một thứ chưa bao giờ tương tự như trong phòng thu và một thứ biến công việc trở thành hoạt động thu âm chung của một nhóm người"[37].

Radiohead tận dụng tối đa số phòng cũng như lượng nhạc cụ mộc có trong căn nhà: phần hát trong "Exit Music (For a Film)" được bổ sung bằng những hiệu ứng tiếng vọng thu tại khu vực cầu thang bằng đá khối; trong khi "Let Down" được thu âm khoảng lúc 3 giờ sáng trong phòng khách chính[38]. Việc tách biệt khỏi thế giới bên ngoài cũng góp phần khiến ban nhạc có một nhịp sống khác biệt, với quỹ thời gian co giãn và tùy hứng phù hợp với công việc. O'Brien nhớ lại: "Áp lực duy nhất chính là việc hoàn thiện [bản thu]. Chúng tôi không có bất cứ thời hạn cụ thể nào, và chúng tôi có một sự tự do tuyệt đối để làm tất cả những gì mình muốn. Chúng tôi đôi lúc cũng trì hoãn vì chúng tôi có chút lo lắng về những thứ mới hoàn thiện."[39] Yorke hoàn toàn hài lòng về chất lượng thu âm tại đây, anh nói: "Trong một căn nhà rộng lớn vùng đồng quê, tôi không còn phải dùng thứ "phân tách"[gc 1] đáng sợ của thập niên 80 nữa... Đây không phải lúc để mong mọi thứ hoàn toàn chỉn chu và mỗi nhạc cụ cần được thu âm riêng lẻ."[40] O'Brien cũng hài lòng với công việc thu âm, cho rằng tới 80% album được thu âm hoàn toàn trực tiếp[37][40]. Anh bình luận: "Tôi rất ghét việc phải ghi đè, vì nó tạo cảm giác không tự nhiên... Có một điều gì đó luôn xuất hiện khi bạn chơi trực tiếp; có lẽ phần nhiều tới từ việc bạn phải để ý mọi người và hiểu rằng còn nhiều người khác nữa để nó được tạo nên cùng lúc."[40][41] Rất nhiều đoạn hát cho album được Yorke thu âm chỉ trong một lần duy nhất[41].

Radiohead quay trở lại Canned Applause vào tháng 10 để cùng chỉnh sửa[42], hoàn thiện những phần còn sót từ buổi thu tại điền trang St. Catherine. Tới Giáng sinh, họ phác thảo danh sách ca khúc rút gọn xuống còn 14 bài[43]. Phần thu dàn dây được thực hiện tại phòng thu Abbey Road Studios vào tháng 1 năm 1997. Album được chỉnh âm tại đây, sau đó được trộn âm trong 2 tháng sau đó tại nhiều địa điểm khác nhau trong thành phố[44]. Godrick yêu thích cách chỉnh sửa nhanh gọn và liền tay, ông nói: "Tôi có cảm giác như mình là một phần của nó vậy. Tôi bắt đầu nghịch ngợm với vài thứ và hoàn thiện chúng... Tôi thường mất nửa ngày cho việc trộn âm. Nếu mà phải mất nhiều thời gian hơn có nghĩa là bạn đã làm hỏng nó. Điều khó khăn đó là cố gắng giữ cho chúng tươi mới và đúng với mục đích."[13]